วันที่ 16 มกราคม 2563 เว็บไซต์ข่าวเจแปนไทม์สของญี่ปุ่นรายงานว่า กระทรวงสาธารณสุขญี่ปุ่นออกมายืนยันว่า พบผู้ป่วยโคโรน่าไวรัสสายพันธุ์ใหม่สัญชาติจีนที่เดินทางจากเมืองอู่ฮั่นและอาศัยอยู่ในจังหวัดคานากาว่า ได้เข้าทดสอบการติดเชื้อโดยผลออกมาเป็นบวก หลังเดินทางจากจีนเมื่อวันที่ 6 มกราคมและได้เข้ารับการรักษาที่โรงพยาบาลเมื่อวันที่ 10 มกราคม ที่ผ่านมา ล่าสุดผู้ป่วยรายนี้ได้รับการรักษาและออกจากโรงพยาบาลแล้ว ถือว่าเป็นผู้ป่วยรายแรกที่พบในญี่ปุ่น

กระทรวงสาธารณสุขเปิดเผยว่า ผู้ป่วยรายนี้ คาดว่าจะได้รับเชื้อจากการติดต่อใกล้ชิดกับคนที่มีเชื้อขณะอาศัยอยู่ในเมืองอู่ฮั่น แต่ไม่ได้ไปที่ตลาดอาหารทะเล ซึ่งในช่วงเกิดการระบาดใหม่ๆ หลักฐานเบื้องต้นพบว่าเกิดขึ้นจากพื้นที่ตลาดค้าอาหารทะเลจนส่งผลทำให้เกิดผู้ติดเชื้อกว่า 20 ราย

นอกจากนี้ กระทรวงฯยังแจ้งให้ประชาชนหมั่นล้างมือและใช้มาตรกรป้องกันแบบเดียวกับที่รับมือโรคหวัดหรือไข้หวัดใหญ่ พร้อมขอแจ้งไปยังผู้ที่เคยเดินทางเยือนอู่ฮั่นและพบว่ามีอาการป่วยหรือไอ ให้สวมหน้ากากและเข้าพบแพทย์ในทันที พร้อมแจ้งกับแพทย์ว่าเคยเดินทางไปเมืองอู่ฮั่น