วันที่ 29 พฤศจิกายน 2562 นายณัฏฐพล ทีปสุวรรณ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ (ศธ.) เปิดเผยกรณีสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน (สช.) ออกคำสั่งให้โรงเรียนกรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัยอยู่ในความควบคุมของ สช.และแต่งตั้งคณะกรรมการควบคุมฯ ขึ้น เนื่องจากปัญหาภายในโรงเรียน จากการบริหารจัดการของมูลนิธิแห่งสภาคริสตจักรในประเทศไทย ในฐานะผู้รับใบอนุญาต ได้มีคำสั่งพักงานนายศุภกิจ จิตคล่องทรัพย์ อดีตผู้อำนวยการ และนายวัชรพงษ์ อภิญญานุรังสี อดีตผู้จัดการ โดยภายหลังมีคำสั่งให้พ้นจากหน้าที่ ด้วยข้อกล่าวหาเรื่องการจัดซื้อที่ดิน และกิจการโรงเรียนบึงกาฬพิทักษ์ศึกษา ที่ไม่ถูกต้องตามระเบียบ จนมีการชุมนุมประท้วงคัดค้านจากนักเรียน ครู ผู้ปกครอง และศิษย์เก่าเป็นระยะๆ ตลอด 4 เดือน จนส่งผลกระทบการสอนของนักเรียน อีกทั้ง การนำเงินของโรงเรียนไปจัดซื้อที่ดิน และกิจการโรงเรียนบึงกาฬฯ ไม่เป็นไปตามวัตถุประสงค์ และการใช้จ่ายงบประมาณไม่เป็นไปตามมาตรา 47 แห่ง พ.ร.บ.โรงเรียนเอกชน พ.ศ.2550 และแก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 2) พ.ศ.2554 ว่า แม้ สช.ออกคำสั่งควบคุมโรงเรียนแล้ว แต่ตราบใดที่ทั้ง 2 ฝ่ายยังไม่เข้าใจกัน คงยากที่การแก้ไขปัญหาได้สมบรูณ์ ทุกฝ่ายที่เป็นคู่กรณีต้องลดในสิ่งที่ต้องการลง เพื่อให้ผลลัพธ์ออกมาตามที่ควรจะเป็น หากยังไม่ลดความต้องการ และลดทิฐิ ก็ยังเป็นข้อกังวลของ ศธ.ว่าโรงเรียนจะแก้ไขปัญหาได้หรือไม่

“เบื้องต้นผมได้พูดคุยกับทั้ง 2 ฝ่ายแล้ว รู้สึกว่าปัญหาแก้ไขได้ ถ้าทั้ง 2 ฝ่ายเข้าใจกัน แต่คิดว่าขณะนี้ทั้ง 2 ฝ่ายยังไม่เข้าใจกัน ผมอยากให้ทุกฝ่ายคำนึงถึงผลประโยชน์ของเด็ก ความเสียหายที่เด็กจะได้รับ เมื่อใดก็ตามที่ทั้ง 2 ฝ่ายคำนึงถึงเรื่องนี้ เมื่อนั้นถึงจะแก้ปัญหา และผสมผสานผลลัพธ์ที่เหมาะสมออกมาได้ แต่ขณะนี้ยังทั้ง 2 ฝ่ายยังคำนึกถึงความต้องการของตนเองมากกว่าเด็ก” นายณัฏฐพล กล่าว

นายณัฏฐพลกล่าวต่อว่า ส่วนจะเรียกประชุมคณะกรรมการควบคุมฯ เพื่อแก้ไขปัญหาหรือไม่นั้น อยากให้คณะกรรมการทำหน้าที่อย่างเต็มที่ก่อน นอกจากนี้ ยังมีนางกนกวรรณ วิลาวัลย์ รัฐมนตรีช่วยว่าการ ศธ.ที่ดูแลการศึกษาเอกชน อย่างไรก็ตาม เมื่อใดที่โรงเรียนถึงจุดที่เดินต่อไปไม่ได้ และจำเป็นถึงที่สุด ตนพร้อมจะเข้าไปแก้ไข