วันที่ 23 มกราคม 2562 พล.ท.พงศกร รอดชมภู รองหัวหน้าพรรคอนาคตใหม่ แสดงความคิดเห็นต่อกรณีเหตุรุนแรงล่าสุดในพื้นที่จังหวัดชายแดนใต้ ซึ่งมีการสังหารผู้นำทางศาสนาทั้งสองฝ่าย โดยระบุว่าอย่ามองเหตุดังกล่าวเป็นความขัดแย้งระหว่างศาสนา เพราะในความเป็นจริง ปัญหาชายแดนใต้เป็นปัญหาความขัดแย้งทางการเมือง

โดย พล.ท.พงศกรกล่าวต่ออีกว่าเหตุรุนแรงล่าสุด เป็นหลักฐานเชิงประจักษ์ว่าการบริหารจัดการปัญหาความขัดแย้งในพื้นที่ชายแดนใต้เป็นไปอย่างไร้ประสิทธิภาพ ทั้งๆที่งบประมาณที่ถูกใช้ไปในการแก้ไขปัญหาตลอด 15 ปีที่ผ่านมา จากปี 2547-2561 จำนวนกว่า 3 แสนล้านบาท ถูกใช้ไปโดยไม่เกิดประโยชน์ และยังเป็นการสร้างเครือข่ายผลประโยชน์ในพื้นที่ ซึ่งทับถมปัญหาให้เลวร้ายไปยิ่งกว่าเดิม

พล.ท.พงศกรกล่าวต่อว่าสำหรับปัญหาความขัดแย้งในพื้นที่ดังกล่าว พรรคอนาคตใหม่เห็นว่าต้องแก้ไขด้วยวิถีทางทางการเมือง เดินหน้ากระบวนการเจรจาสันติภาพในพื้นที่ต่อ ภายใต้ยุทธศาสตร์การเมืองนำการทหาร เพราะเป็นหนทางเดียวที่จะนำความสงบสุขกลับมาสู่พื้นที่ได้ ควบคู่ไปกับการทำให้การกำหนดพื้นที่ปลอดภัย ทำได้จริง เพื่อสร้างความมั่นใจให้กับประชาชนในพื้นที่ ยับยั้งการโจมตีเป้าหมายอ่อน หรือเป้าหมายที่เป็นพลเรือน ซึ่งปัจจัยสำคัญที่จะทำให้การเดินหน้าเจรจาประสบความสำเร็จก็คือการมีรัฐบาลพลเรือนจากการเลือกตั้ง ซึ่งมีความชอบธรรมทางการเมืองมากกว่า รวมถึงสามารถเปิดพื้นที่ให้ประชาชนมีส่นร่วมได้ดีกว่า นอกจากนี้ยังต้องมีการพัฒนาเศรษฐกิจในพื้นที่ซึ่งถูกทอดทิ้งมานาน ทั้งๆที่ชายแดนใต้เป็นพื้นที่ๆมีศักยภาพ ไม่ว่าจะเป็นอุตสาหกรรมอาหารฮาลาล ท่องเที่ยว อุตสาหกรรมนมแพะ ซึ่งควรได้รับการส่งเสริม โดยพรรคอนาคตใหม่เห็นว่าเศรษฐกิจสามารถเป็นตัวแปรสำคัญในการสร้างสันติภาพได้ เพราะเมื่อประชาชนมีคุณภาพชีวิตที่ดีขึ้น ความไม่พอใจของประชาชนย่อมลดลง เอื้อให้บรรยากาศโดยรวมดีขึ้นได้

พล.ท.พงศกรยังเสนอว่าสำหรับการสูญเสียของทุกฝ่ายในระยะยาว ควรมีการตั้งคณะกรรมการสืบค้นข้อเท็จจริง พร้อมกระบวนการคืนความเป็นธรรมให้กับผู้ได้รับผลกระทบ และทำการเยียวยาผู้เสียหายจากความรุนแรงทุกฝ่ายโดยไม่เลือกปฏิบัติด้วย