ความไม่สงบและความวุ่นวายในภาคใต้ของไทยในจังหวัดปัตตานี ยะลา และนราธิวาส ได้ขยายตัวออกไปในเดือนมกราคม ปี 2004 ทำให้ความสัมพันธ์ไทย-มาเลเซีย ประสบความยุ่งยาก

ในขณะที่เจ้าหน้าที่ของมาเลเซียยืนกรานถึงการไม่เข้าไปยุ่งเกี่ยว ด้วยการพิจารณาเรื่องที่เกิดขึ้นว่าเป็นปัญหาภายในของไทย หลายเหตุการณ์รวมทั้งการโต้แย้งระหว่างผู้นำของทั้งสองประเทศก็นำไปสู่ความตึงเครียด (Mala RajoSathian, Thai-Malaysian Relation Celebrating 50 years of Friendship and Alliance, Rajaphruek Bunga Raja, p.140) เช่นกัน

นอกจากนี้ รัฐบาลไทยและมาเลเซียยังมีประเด็นปัญหาที่จะต้องแก้ไขร่วมกันในเรื่องพลเมืองสองสัญชาติ (dual citizenship) ที่มีมาต่อเนื่องอย่างยาวนาน ข้อกล่าวหาที่ว่าชาวมุสลิมไทยเป็นพลเมืองของทั้งสองประเทศถูกอ้างถึงในฐานะที่เป็นหนึ่งในปัญหาในการยืนยันอัตลักษณ์และการจับกุมบุคคลที่เกี่ยวข้องกับความขัดแย้งในภาคใต้ของไทย

ในความร่วมมือด้านความมั่นคงนั้น คณะกรรมการพื้นที่ชายแดน (Regional Border Committee Office-RBCO) มีสำนักงานและมีเจ้าหน้าที่ของกองกำลังติดอาวุธและทหารของสองประเทศอยู่ร่วมกันที่จังหวัดสงขลาด้วย

จุดมุ่งหมายของคณะกรรมการพื้นที่ชายแดนก็คือการทำงานร่วมกันที่จะเผชิญกับการคุกคามความมั่นคงของแต่ละประเทศ รวมทั้งการทำงานด้านการข่าวร่วมกันในเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นตามชายแดนของทั้งสองประเทศ

ในส่วนของประเทศไทย ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ได้ตั้งขึ้นในปี 1989 โดยนายกรัฐมนตรี เปรม ติณสูลานนท์ ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้มีความมุ่งมั่นที่จะทำหน้าที่ในฐานะสถาบันบริหารวิกฤตการณ์ และเป็นเครื่องมือของการรักษาความสงบในภาคใต้ของไทย

 

ด้วยจิตวิญญาณของการเป็นเพื่อนบ้านที่ดีและทำตามแนวทางของสมาคมประชาชาติอาเซียน (ASEAN Way) มาเลเซียได้เสนอที่จะฝึกฝนคนหนุ่มสาวจากภาคใต้ด้านการอาชีวศึกษา

ในทำนองเดียวกัน ประเทศไทยได้แสดงความสนใจอย่างยิ่งที่จะขอให้มาเลเซียช่วยเป็นผู้เจรจาระหว่างรัฐบาลของไทยกับกลุ่มผู้แยกดินแดนทางภาคใต้

การพัฒนาเหล่านี้ได้นำไปสู่การส่งเสริมความร่วมมือภายในกรอบของความมั่นคงและกรอบการพัฒนาทางเศรษฐกิจร่วมกัน (JDA)

ด้วยจิตวิญญาณของการเป็นพันธมิตรและมิตรภาพในการได้มาซึ่งการอยู่ร่วมกันอย่างสันติในหมู่เพื่อนบ้านแสดงให้เห็นว่ารัฐบาลไทยและรัฐบาลมาเลเซียคือหนึ่งในความสำคัญสำหรับความสัมพันธ์ไทย-มาเลเซียที่มีมายาวนานกว่าครึ่งศตวรรษ หากว่าไม่ยาวนานกว่านี้ (Message from NityaPibunsonggram, Former Minister of Foreign Affairs of the Kingdom of Thailand, RajaphruehBunga Raja, p.10.)

ดังนั้น จึงเป็นเรื่องที่ไม่น่าแปลกใจว่าประเทศไทยเป็นหนึ่งในประเทศแรกๆ ที่สถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตกับประเทศเอกราชใหม่อย่างมาเลเซียในวันที่ 30 สิงหาคมปี 1957 ตลอดระยะเวลาที่ผ่านมา

ความสัมพันธ์ระหว่างสองประเทศมีความอบอุ่นและมิตรไมตรีนำทางโดยความใฝ่ฝันและผลประโยชน์ที่มีอยู่ร่วมกัน เพื่อที่จะอยู่ร่วมกันด้วยความสันติและความปรองดอง

ความใกล้ชิดของความสัมพันธ์ที่แสดงให้เห็นด้วยตัวของมันเองจากการแลกเปลี่ยนการเยือนของเจ้าหน้าที่ชั้นสูงของสองประเทศ จากนายกรัฐมนตรีและคณะรัฐมนตรี (Message from NityaPibunsonggram, Former Minister of Foreign Affairs of the Kingdom of Thailand, RajaphruehBunga Raja, p.325)

ในขณะที่เรื่องของความมั่นคงถือเป็นเรื่องที่ได้รับความสำคัญในความสัมพันธ์ไทย-มาเลเซีย โดยมีหลายแง่มุมของความสัมพันธ์รวมอยู่ด้วยเช่นกันนั้น

สิ่งเหล่านี้จะรวมทั้งความร่วมมือทางเศรษฐกิจ และแง่มุมของความร่วมมือด้านอื่นๆ อีกด้วย เช่น ความสัมพันธ์ในด้านสิ่งแวดล้อม สุขภาพ และการศึกษา

อย่างไรก็ตาม ความสัมพันธ์ในด้านสิ่งแวดล้อม สุขภาพและการศึกษายังเป็นรองความร่วมมือในด้านความมั่นคง

 

ความสนใจเบื้องต้นของรัฐบาลไทยและมาเลเซียที่ผ่านมาครึ่งศตวรรษและในทศวรรษต่อๆ มาที่จะมาถึงนี้จะเป็นเรื่องความมั่นคง เช่น ในการรักษาไว้ซึ่งความมั่นคงทางภูมิศาสตร์ ทั้งในทางทะเลและการเดินเรือ (Mala RajoSathian, Thai-Malaysian Relation Celebrating 50 years of Friendship and Alliance, RajaphruekBunga Raja , p.140)

ในความคิดของ Wong Solong ความคิดที่กรุงเทพมีต่อจังหวัดภาคใต้ ซึ่งประกอบด้วยชาวมุสลิมได้เกิดข้อบกพร่องอย่างรุนแรง

เขาแนะว่าสิ่งแรกที่พวกแกนนำรัฐบาลจำเป็นจะต้องทำก็คือเปลี่ยนจุดยืนของพวกเขาที่มีต่อภาคใต้เสียใหม่ เปลี่ยนแปลงวิธีการที่เข้มข้น ด้วยการหาทางสร้างความไว้วางใจ เคารพและเจรจา

ในที่สุดกรุงเทพฯ จะต้องใช้แผนการที่ครอบคลุมซึ่งสนองต่อแรงบันดาลใจของชาวไทยมุสลิม สิ่งนี้จำเป็นจะต้องประกอบไปด้วยการเมือง เศรษฐกิจ ศาสนา การศึกษา สังคมและความเป็นหนึ่งเดียวของชาติ

มาเลเซียเสนอการช่วยเหลือแต่ก็ถูกบอกปัดไป ซึ่งบางส่วนของผู้นำไทยถือว่าข้อเสนอดังกล่าวเป็นการแทรกแซงกิจการภายในของไทย ซึ่งกรณีนี้ไม่ควรจะเป็นเช่นนั้น กัวลาลัมเปอร์นั้นมีความจริงใจในการนำเสนอประสบการณ์ในการจัดการกับความรุนแรง ซึ่งกรุงเทพฯ สามารถจะได้ประสบการณ์ของมาเลเซียมาด้วยอย่างมาก

มิได้เป็นความสนใจของมาเลเซียที่จะเห็นสถานการณ์ในภาคใต้ของไทยหลุดออกไปจากการควบคุมและเสื่อมถอยไปสู่วงจรความรุนแรงหรือเลวร้าย ภาคใต้ของไทยจำเป็นจะต้องมีการจัดการใหม่จากกรุงเทพฯ เพื่อที่จะลบล้างความโกรธเคืองและความแปลกแยกออกไป (Wong Sulong, Cross Border cooperation is Necessary (The Star) The Nation Feb 9m 2005 p.10A)

อย่างไรก็ตาม ความไม่สงบในภาคใต้ตอนล่างที่มีมาตั้งแต่ปี 2004 ได้รับความสนใจเป็นอย่างมากจากมาเลเซียในฐานะที่เป็นประเทศเพื่อนบ้าน เนื่องจากสถานการณ์ความไม่สงบมีผลกระทบกันชาวมุสลิมในภาคใต้ของประเทศไทย

มีแนวโน้มในเรื่องที่ว่าผู้ต้องสงสัยได้ข้ามเขตแดนไทยไปด้วยการอ้างว่าเป็นพลเรือนของมาเลเซีย เพื่อหนีการจับกุมของเจ้าหน้าที่ไทย การกล่าวถึงปัญหาคนสองสัญชาติและผลที่ตามมาในความร่วมมือกับเจ้าหน้าที่ของไทย

นับเป็นการพัฒนาที่ก้าวหน้าในความสัมพันธ์ทวิภาคีของทั้งสองประเทศ

 

โดยทั่วไปทั้งไทยและมาเลเซียให้การยอมรับการเจรจา และยุทธศาสตร์ทางการทูตที่ไม่เป็นทางการเพื่อก้าวข้ามปัญหาและความสัมพันธ์ที่ตึงเครียดอันเนื่องมาจากเหตุการณ์ต่างๆ หรือสถานการณ์ที่เกิดขึ้น เหตุการณ์ในเดือนกันยายนปี 2005 ซึ่งชาวไทยมุสลิมหนีข้ามชายแดนทางตอนใต้ของไทยเพื่อไปลี้ภัยในรัฐทางเหนือคือรัฐกลันตันคือตัวอย่างหนึ่งที่มีให้เห็น

เหตุการณ์ของปี 2004-2007 นำไปสู่ขั้นตอนของการสร้างความมั่นใจและความร่วมมืออย่างจริงจังระหว่างรัฐบาลมาเลเซียและรัฐบาลไทย เมื่อพิจารณาจากการคุกคามที่มาจากขบวนการของผู้แยกดินแดนและจากอาชญากรรมข้ามชาติและเครือข่ายการก่อการร้ายของโลก ทั้งสองประเทศก็ยืนกรานที่จะทำให้ภาคใต้มีความสงบสันติอย่างต่อเนื่อง

ในประเด็นด้านความมั่นคง อย่างเช่น ปัญหาพลเมืองสองสัญชาติ (dual-citizenship) ยาเสพติด การขโมยปืน ตลอดจนความขัดแย้งชายแดนนั้นเป็นข้อพิพาทที่มีมายาวนาน

ส่วนความจำเป็นทางสังคม-เศรษฐกิจสำหรับดินแดนที่เป็นปัญหาอยู่ชิดใกล้กับมาเลเซียนั้นทั้งรัฐบาลไทยและมาเลเซียต่างก็ให้ความสนใจกับประเด็นนี้มาตลอดและได้รับการพิจารณาจากฝ่ายความมั่นคงมาอย่างต่อเนื่อง