การศึกษาเป็นอีกมิติหนึ่งของการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ เนื่องจากเป็นพื้นที่ ที่มีความแตกต่างด้านศาสนา ภาษา และวัฒนธรรม ที่กลุ่มผู้ก่อความไม่สงบมักจะหยิบยกมาเป็นประเด็นในการก่อเหตุสร้างสถานการณ์บ่อยครั้ง  เพื่อเป็นการแก้ไขปัญหาดังกล่าว รัฐบาลจึงได้ประกาศให้พื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ประกอบด้วย จังหวัดปัตตานี ยะลา นราธิวาส และ 4 อำเภอของจังหวัดสงขลา คือ จะนะ นาทวี เทพา สะบ้าย้อย เป็นเขตพัฒนาพิเศษเฉพาะกิจ  ให้มีการจัดการศึกษาที่สอดคล้องกับความต้องการและอัตลักษณ์ของประชาชนในพื้นที่  พร้อมทั้งจัดตั้งศูนย์ประสานงานและบริหารการศึกษา จังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศปบ.จชต.) หรือกระทรวงศึกษาธิการ ส่วนหน้า ทำหน้าที่ประสานงานขับเคลื่อนและบูรณาการให้การดำเนินการตามนโยบายของรัฐบาลให้เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพและบรรลุเป้าหมายที่กำหนด

          แผนพัฒนาคุณภาพการศึกษาในจังหวัดชายแดนภาคใต้ เป็นการทำงานร่วมกัน แบบบูรณาการของ 6 หน่วยงานประกอบด้วย สำนักปลัดกระทรวงศึกษาธิการ (สป.) สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.) สำนักงานส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย (กศน.) สำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษา (สอศ.) และกระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัย และนวัตกรรม (อว.) ซึ่งในส่วนของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.) นับว่ามีบทบาทที่สำคัญ ในการแก้ปัญหาปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ เพราะมีหน้าที่กำกับดูแลโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม ที่แปรสภาพมาจากสถานศึกษาที่สอนเฉพาะหลักศาสนาอิสลาม โดยการขึ้นทะเบียนกับกระทรวงศึกษาธิการ และเปิดสอนทั้งวิชาการสามัญตามหลักสูตรของกระทรวงศึกษาธิการ ควบคู่กับวิชาการศาสนา ซึ่ง ปัจจุบันมีมากกว่า 300 โรง นักเรียนประมาณ 2 แสนคนและบุคลากรทางการศึกษามากกว่าหมื่นคน 

         ปัจจุบัน รัฐบาลส่งเสริมการศึกษาในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยอุดหนุนช่วยเหลือนักเรียน โรงเรียนเอกชน ผ่านสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน เป็นเงินในลักษณะต่างๆ รวม 8 รายการได้แก่ เงินอุดหนุนรายบุคคล เงินอุดหนุนพัฒนาประสิทธิภาพการจัดการศึกษาของโรงเรียนเอกชนในจังหวัดชายแดนภาคใต้ เงินอุดหนุนพัฒนาคุณภาพการศึกษา เงินเพิ่มการครองชีพชั่วคราว เงินอุดหนุนเรียนฟรี 15 ปี เงินอุดหนุนโครงการอาหารกลางวัน เงินอุดหนุนโครงการอาหารเสริมนม และอื่นๆ รวมแล้วไม่น้อยกว่า 1,000 ล้านบาทต่อปี นอกจากนี้ นักเรียนที่จบการศึกษาระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย ยังได้รับโอกาสให้เข้าเรียนต่อในระดับอุดมศึกษาทั้งในและต่างประเทศ โดยการสนับสนุนทุนการศึกษาผ่านโครงการต่างๆ ปีละนับพันคน ส่วนนักเรียนที่ประสบปัญหาไร้ผู้ดูแล ครอบครัวยากจน  หรือได้รับผลกระทบจากเหตุการณ์ความไม่สงบ รัฐบาล จึงได้จัดทำโครงการ “โรงเรียนประชารัฐ” ขึ้น เพื่อรองรับให้นักเรียนเหล่านี้ ได้เข้าเรียนในลักษณะโรงเรียนประจำ กิน นอน และเรียนฟรี ในโรงเรียน ปัจจุบันมีการจัดตั้งกระจายอยู่ทุกอำเภอ รวม 64 โรง  

         นอกจากการส่งเสริมการศึกษาสายสามัญแล้ว รัฐบาลยังให้ความสำคัญกับการกีฬา โดยการสนับสนุนโครงการสานฝันการกีฬาสู่สถานศึกษา  เพื่อเปิดโอกาสให้เยาวชนที่มีความสามารถและสนใจด้านกีฬาเข้าศึกษาในลักษณะโรงเรียนประจำ ฝึกฝนด้านกีฬาควบคู่กับการเรียนวิชาสามัญ พร้อมทั้งให้ทุนการศึกษาต่อเนื่องจนถึงระดับอุดมศึกษา ซึ่งรัฐบาลได้ทำข้อตกลงความร่วมมือกับกระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัย และนวัตกรรม รวมทั้ง สำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษา ให้รับนักเรียนในโครงการดังกล่าวเข้าศึกษาต่อ โดยรัฐบาลสนับสนุนทุนการศึกษา 55,000 บาท/คน/ปี จนจบหลักสูตร ปัจจุบันมีนักเรียนในโครงการนี้รวม 2,519 คน 

          การพัฒนาและการส่งเสริมด้านการศึกษาในจังหวัดชายแดนภาคใต้ ไม่ได้มีแต่เฉพาะหน่วยงานด้านการศึกษาเท่านั้น หากแต่ยังมีหน่วยงานด้านความมั่นคง เช่น กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในภาค 4 ส่วนหน้า ได้จัดทำโครงการ “ติวข้น ค้นฝัน” ขึ้น เพื่อเสริมสร้างศักยภาพผู้เรียน โดยนำครูผู้สอนที่มีความชำนาญในแต่ละสาขาวิชามาสอนเสริม เพิ่มขีดความสามารถในการสอบแข่งขันเข้าศึกษาต่อในระดับอุดมศึกษา ในสถานศึกษาที่ต้องการ นับเป็นการเติมเต็มการศึกษาในพื้นที่เขตพัฒนาพิเศษเฉพาะกิจจังหวัดชายแดนภาคใต้  ภายใต้ การประสานงานของศูนย์ประสานงานและบริหารการศึกษาจังหวัดชายแดนภาคใต้   ที่ ทำหน้าที่ประสานงาน บูรณาการ และขับเคลื่อน  

         ทั้งนี้เพื่อให้การยกระดับคุณภาพการศึกษาชายแดนใต้ เป็นไปอย่างต่อเนื่องและมีประสิทธิภาพ คณะรัฐมนตรีจึงได้มีมติแต่งตั้งให้ พลเอกสุทัศน์ กาญจนานนท์กุล เป็นผู้แทนพิเศษของรัฐบาล ทำหน้าที่ขับเคลื่อนงานการพัฒนาด้านการศึกษา ติดตามการดำเนินงาน ตามแผนงาน/โครงการต่างๆ  ของรัฐบาลเช่น แผนงานจัดตั้งพื้นที่นวัตกรรมทางการศึกษา อันเป็นนโยบายใหม่ ที่ต้องการให้มีการคิดค้นการศึกษารูปแบบใหม่ ให้ความเป็นอิสระในการบริหารจัดการ และการมีส่วนร่วมของท้องถิ่น เพื่อให้เกิดผลสัมฤทธิ์เป็นรูปธรรม ลดความเหลื่อมล้ำด้านการศึกษา ริเริ่มให้มีการจัดตั้งพื้นที่นวัตกรรมการศึกษานำร่อง เพื่อใช้เป็นต้นแบบขยายผลไปยังพื้นที่อื่นๆ   ทั้งนี้เพื่อเป็นการตอบโจทย์ความต้องการของประชาชน และต้องสอดคล้องกับอัตลักษณ์ของพื้นที่ โดยเป้าหมายที่สำคัญของการขับเคลื่อนคือ “การพัฒนาคน” อันเป็นพื้นฐานสำคัญ ที่จะนำไปสู่การแก้ไขปัญหาและพัฒนาพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ไปสู่ความมั่นคง มั่งคั่ง ยั่งยืน ต่อไป