หลังเหตุการณ์รัฐประหาร รัฐบาลอินโดนีเซียของประธานาธิบดีซูฮาร์โต ได้ออกกฎระเบียบต่างๆ ที่มีจุดมุ่งหมายเพื่อทำลายเอกลักษณ์ของคนจีน ให้คนจีนหลอมเข้าสังคมอินโดนีเซียในฐานะพลเมืองชั้นสอง ซึ่งได้แก่ การสั่งปิดสมาคมจีน โรงเรียนจีนและหนังสือพิมพ์จีนทั้งหมด ห้ามสอนภาษาจีนทุกรูปแบบ ห้ามเขียนป้ายชื่อร้านเป็นภาษจีน ห้ามใช้ภาษาจีนในการโฆษณา ห้ามนำเข้าสื่อสิ่งพิมพ์และสื่อวัฒนธรรมภาษาจีน ห้ามพูดภาษาจีนและห้ามประกอบพิธีกรรมตามประเพณีจีนในที่สาธารณะ

ในบางท้องถิ่นยังมีกฎพิสดารกว่านี้ เช่น เทศบาลจาการ์ตาออกกฎห้ามเจ้าของร้านค้าและลูกค้าที่เป็นชาวจีนด้วยกันสนทนากันด้วยภาษาจีน ต้องใช้แต่ภาษาอินโดนีเซียเท่านั้น

ส่วนชาวจีนที่มีสัญชาติอินโดนีเซีย จะถูกกีดกันในการเข้าศึกษาในระดับอุดมศึกษาและการเข้าทำงานในหน่วยงานของรัฐ บัตรประชาชนของพวกเขาจะทำเครื่องหมายพิเศษ แตกต่างจากบัตรประชาชนของชาวอินโดนีเซียทั่วไป เวลาแสดงบัตรนี้ต่อเจ้าหน้าที่รัฐบาลจะได้รับการปฏิบัติที่แตกต่างจากคนทั่วไป บัตรนี้จึงเป็นเสมือนบัตรอัปยศที่แสดงถึงการเป็นพลเมืองชั้นสองของพวกเขา

ชาวจีนในอินโดนีเซียนับเป็นกลุ่มที่ประสบชะตากรรมทุกข์ยากที่สุดในบรรดาชาวจีนโพ้นทะเลทั้งหลาย พวกเขานอกจากถูกลิดรอนสิทธิในการแสดงออกซึ่งวัฒนธรรมของตนและถูกกดเป็นพลเมืองชั้นสองแล้ว ยังต้องตกเป็นเหยื่อถูกกระทำรุนแรงทุกครั้งที่มีเหตุการณ์ผันผวนทางการเมืองหรือเศรษฐกิจ บางครั้งเรื่องเล็กๆ เช่น เกิดการทะเลาะวิวาทหรือเกิดอุบัติเหตุรถยนต์ที่มีคู่กรณีเป็นคนจีนกับคนพื้นเมือง ก็อาจกลายเป็นน้ำผึ้งหยดเดียวที่ลุกลามเป็นเรื่องใหญ่โตที่คนพื้นเมืองรุมทำร้ายคนจีนและปล้นชิงทรัพย์สินคนจีนได้ เหตุการณ์ลักษณะนี้เกิดขึ้นแทบทุกปี

ครั้งที่ร้ายแรงได้แก่เหตุการณ์ทำร้ายคนจีนที่ลุกลามทั่วเกาะชวาในปี 1963 ทำให้ชาวจีนตาย 35 คน บ้านเรือนเสียหาย 2,500 หลัง เหตุการณ์ประท้วงนายกรัฐมนตรีญี่ปุ่นที่มาเยือนอินโดนีเซีย แล้วลุกลามกลายเป็นการทำร้ายคนจีนในปี 1974 เหตุการณ์รุนแรงที่เกิดจากเด็กนักเรียนชาวพื้นเมืองขี่รถจักรยานชนถูกคนจีนในปี 1980 กับเหตุการณ์ที่เกิดจากการประท้วงเรียกร้องขึ้นค่าแรง แล้วลุกลามเป็นการทำลายโรงงาน ร้านค้าและรถยนต์ของคนจีนที่สุมาตราในปี 1994

เหตุการณ์ทำร้ายคนจีนครั้งรุนแรงที่สุดเกิดขึ้นเมื่อเดือนพฤษภาคม 1998 ซึ่งมีสาเหตุมาจากวิกฤติเศรษฐกิจ อินโดนีเซียได้รับผลกระทบจากวิกฤตต้มยำกุ้งของไทย ทำให้ค่าเงินรูเปียห์ลดลงกว่าครึ่ง รัฐบาลอินโดนีเซียต้องขอความช่วยเหลือจากกองทุนการเงินระหว่างประเทศหรือไอเอ็มเอฟ ไอเอ็มเอฟตั้งเงื่อนไขให้รัฐบาลขึ้นค่าสาธารณูปโภคทั้งค่าน้ำ ค่าไฟฟ้า ค่าน้ำมันเชื้อเพลิงและค่าโดยสารรถประจำทางแบบก้าวกระโดด คนจนในเมืองถูกกระทบจากมาตรการนี้โดยตรง จึงลุกขึ้นมาประท้วงรัฐบาล จนทำให้ประธานาธิบดีซูฮาร์โตต้องลาออกไป

และก็เช่นเดียวกับทุกครั้ง การประท้วงทางการเมืองถูกแปรเป็นการโจมตีคนจีน ฝูงชนบ้าคลั่งได้บุกเข้าไปย่านคนจีนและตั้งด่านตรวจจับคนจีนที่หนีไปสนามบิน เหตุการณ์นี้มีคนจีนเสียชีวิตประมาณ 1,200 คน สตรีชาวจีนถูกข่มขืนประมาณ 170 ราย และมีร้านค้ากับบ้านเรือนคนจีนถูกเผาทำลายประมาณ 5,000 หลัง

การที่คนจีนในอินโดนีเซียถูกปฏิบัติเหมือนไม่ใช่คนแบบนี้ นอกจากความรู้สึกอคติที่มีมาตั้งแต่สมัยอาณานิคมแล้ว ยังมีสาเหตุสำคัญสองประการคือ ประการแรก เกิดจากความล้าหลังทางการเมืองและความล้มเหลวในการพัฒนาเศรษฐกิจ อินโดนีเซียภายหลังเอกราชตกอยู่ใต้การปกครองเผด็จการของซูการ์โน และซูฮาร์โต นานเกือบครึ่งศตวรรษ

ในช่วงเวลายาวนานนี้ไม่เคยมีการปลูกฝังและการปฏิบัติที่เป็นจริงเกี่ยวกับแนวคิดประชาธิปไตยที่เคารพสิทธิของคนอื่น การยอมรับความแตกต่างทางวัฒนธรรมและการแก้ปัญหาด้วยสันติวิธีแทนการใช้ความรุนแรง

ส่วนการพัฒนาเศรษฐกิจ แม้อินโดนีเซียจะประสบความสำเร็จระดับหนึ่งในการพัฒนาอุตสาหกรรมและระบบสาธารณูปโภค แต่ต้องถือว่าล้มเหลวในการกระจายรายได้ โภคทรัพย์ของประเทศตกอยู่ในมือนายทหารและนักการเมืองเพียงไม่กี่กลุ่ม รวมทั้งนายทุนใหญ่ชาวจีนที่เป็นหุ้นส่วนธุรกิจของพวกเขา ในขณะที่ชาวอินโดนีเซียส่วนใหญ่มีฐานะยากจนไม่ต่างกับสมัยอาณานิคม

พวกเขาจึงง่ายต่อการถูกชักนำให้ระบายความอัดอั้นด้วยการใช้ความรุนแรงกับคนจีน ซึ่งเป็นสิ่งที่นักการเมืองทั้งฝ่ายรัฐบาลและฝ่ายค้านต้องการ เพื่อเป็นการเบี่ยงเบนความไม่พอใจต่อรัฐบาลและหาคะแนนนิยมจากคนเหล่านี้

สาเหตุอีกประการหนึ่งคือท่าทีของรัฐบาลจีนต่อปัญหานี้ รัฐบาลคอมมิวนิสต์จีนเป็นมิตรสนิทของรัฐบาลอินโดนีเซียสมัยซูการ์โน รัฐบาลจีนแทนที่จะใช้ความสัมพันธ์นี้เจรจาให้อินโดนีเซียปฏิบัติต่อคนจีนให้ดีขึ้นหรือไม่ให้บีบคั้นกลั่นแกล้งคนจีน แต่กลับวางเฉยไม่สนใจไยดี และยังทำข้อตกลงเกี่ยวกับสัญชาติของคนจีนกับรัฐบาลอินโดนีเซียในปี 1955

ข้อตกลงนี้กำหนดให้คนจีนต้องเลือกระหว่างถือสัญชาติจีนกับสัญชาติอินโดนีเซีย เมื่อเลือกสัญชาติหนึ่งจะต้องสละอีกสัญชาติหนึ่ง คนจีนส่วนใหญ่เลือกสัญชาติอินโดนีเซีย รัฐบาลจีนจึงถือว่าคนจีนในอินโดนีเซียเป็นพลเมืองของประเทศอื่นที่ตนไม่มีหน้าที่ให้การคุ้มครอง

ต่อมาอินโดนีเซียได้ตัดความความสัมพันธ์ทางการทูตกับจีนภายหลังการรัฐประหารปี 1965 จีนยิ่งไม่ให้ความสนใจต่อความทุกข์ยากของคนจีนเหล่านี้ คนจีนในอินโดนีเซียจึงเหมือนถูกลอยแพ ต้องเผชิญชะตากรรมเลวร้ายตามลำพัง การไม่ยอมยื่นมือเข้ามาช่วยเหลือคนจีนโพ้นทะเลที่เป็นเสมือนเครือญาติร่วมสายโลหิตของรัฐบาลจีนเป็นสาเหตุสำคัญที่ทำให้รัฐบาลและคนพื้นเมืองอินโดนีเซียเกิดความย่ามใจ พวกเขาจึงปฏิบัติต่อคนจีนตามความพอใจโดยไม่ต้องหวั่นเกรงว่าจะถูกแทรกแซงจากจีนซึ่งเป็นมหาอาจทางการเมืองและการทหารประเทศหนึ่งของโลก

ผลจากนโยบายชนชาติของรัฐบาลอินโดนีเซีย ทำให้คนจีนจำนวนมากอพยพไปอยู่ต่างประเทศ คนจีนที่มีฐานะดีหรือมีการศึกษานิยมไปอยู่สิงคโปร์หรือไปประเทศตะวันตก บางคนอพยพครอบครัวและขนย้ายทรัพย์สินไปสิงคโปร์ ส่วนตัวเองยังอยู่อินโดนีเซีย คนจีนที่มีฐานะด้อยกว่าจะกลับไปประเทศจีน แต่คนจีนส่วนใหญ่ยังอยู่ที่อินโดนีเซีย พวกเขาส่วนใหญ่มีฐานะยากจนหรือปานกลาง มีเพียงคนส่วนน้อยที่เป็นนายทุนใหญ่ ซึ่งสามารถอยู่รอดและขยายกิจการจากการเป็นพันธมิตรทางธุรกิจกับผู้มีอำนาจ

รัฐบาลอินโดนีเซียหลังซูฮาร์โต ได้ปรับเปลี่ยนนโยบายต่อคนจีน โดยมีการผ่อนคลายมาตรการจำกัดต่างๆ และแสดงความเป็นมิตรต่อคนจีนมากขึ้น รัฐบาลได้อนุญาตให้เปิดสอนภาษาจีนนอกเวลาเรียนและยกเลิกคำสั่งปิดหนังสือพิมพ์จีนในปี 2000 ปีต่อมาก็ได้ยกเลิกคำสั่งห้ามนำเข้าสื่อสิ่งพิมพ์และสื่อวัฒนธรรมภาษาจีน นอกจากนี้ ยังมีการผ่อนปรนเกี่ยวกับการตั้งสมาคมของชาวจีนและการจัดพิธีกรรมต่างๆ ตามประเพณีจีน

บรรยากาศที่ดีขึ้นเรื่อยๆ นี้ทำให้คนจีนเริ่มมองเห็นความหวังในการอยู่อย่างมีศักดิ์ศรีและได้รับการปฏิบัติที่เสมอภาค ซึ่งเป็นสิ่งที่พวกเขาใฝ่ฝันมานาน แต่อย่างใดก็ตาม กฎระเบียบจำนวนมากที่จำกัดและกีดกันคนจีนยังไม่ได้ยกเลิก ความรู้สึกเป็นปฏิปักษ์ต่อคนจีนยังฝังแน่นอยู่ในใจของคนพื้นเมือง และสังคมอินโดนีเซียยังประกอบด้วยคนจนเป็นหลัก คนเหล่านี้ยังคงง่ายต่อการถูกชักจูงให้ระบายอารมณ์กับคนจีนและปล้นชิงทรัพย์สินของคนจีนมาเป็นของตน

การได้มาซึ่งความเสมอภาคของคนจีนอินโดนีเซียจึงยังต้องใช้ความพยายามและใช้เวลาอีกยาวนาน

 

นอกจากปัญหาความสัมพันธ์ระหว่างคนพื้นเมืองกับคนจีนแล้ว อินโดนีเซียยังมีปัญหาขัดแย้งระหว่างชาวมุสลิมกับชาวคริสต์ ความขัดแย้งระหว่างชาวพื้นเมืองดั้งเดิมกับผู้อพยพมาใหม่ และการเคลื่อนไหวแบ่งแยกดินแดนของชาวโมลุกกะใต้ ชาวอิเรียนจายาและชาวอาเจะห์

ศาสนาคริสต์ได้แพร่เข้าสู่หมู่เกาะอินโดนีเซียพร้อมกับการเข้ามาของนักล่าอาณานิคมตะวันตก ชาวโปรตุเกสและชาวสเปนเป็นผู้เผยแผ่ศาสนาคริสต์โรมันคาทอลิก ส่วนเนเธอร์แลนด์เป็นผู้เผยแพร่คริสต์โปรเตสแตนต์ ศูนย์กลางของคริสต์ทั้งสองนิกายนี้คือเกาะแอมบอนในหมู่เกาะโมลุกกะ

ในสมัยอาณานิคม เนเธอร์แลนด์ได้รับสมัครชาวแอมบอนที่นับถือศาสนาคริสต์มาเป็นทหาร เพื่อใช้เป็นเครื่องมือปราบปรามชาวอินโดนีเซียที่นับถือศาสนาอิสลาม การกระทำของเนเธอร์แลนด์ได้สร้างความร้าวฉานขึ้นระหว่างชาวอินโดนีเซียที่นับถือสองศาสนานี้ และเป็นต้นเหตุสำคัญของความขัดแย้งทางศาสนาที่ยืดเยื้อมาถึงทุกวันนี้

อินโดนีเซียภายหลังได้รับเอกราช มีการกระทบกระทั่งระหว่างสองศาสนานี้เกิดขึ้นประปราย แต่ไม่ถึงกับรุนแรงมาก ตอนหลังเมื่อกระแสอิสลามทั่วโลกขึ้นสูง แนวคิดในการใช้ความรุนแรงจัดการปัญหาศาสนาได้แพร่เข้าสู่อินโดนีเซีย การกระทบกระทั่งทางศาสนาจึงเกิดบ่อยขึ้น จนกระทั่งเกิดการปะทะรุนแรงที่แอมบอนในปี 1999 หลังเหตุการณ์ครั้งนี้ องค์กรสุมลิมหัวรุนแรง เช่น Laskar Jihad และ Islamic Defenders Front พยายามรวบรวมคนไปทำสงครามศักดิ์สิทธิ์ที่แอมบอน

ความพยายามของพวกเขาแม้จะถูกขัดขวางโดยรัฐบาลอินโดนีเซีย แต่ก็แสดงถึงความน่าวิตกที่ประเด็นเรื่องศาสนาอาจกลายเป็นปัญหาขัดแย้งรุนแรงของอินโดนีเซียในวันข้างหน้า

ปัญหาความขัดแย้งระหว่างชาวพื้นเมืองดั้งเดิมกับผู้อพยพเป็นผลมาจากนโยบายระบายพลเมืองที่แออัดจากชวาและมาดูราไปยังเกาะอื่น รัฐบาลอินโดนีเซียได้ให้การสนับสนุนผู้อพยพด้วยการจัดสรรที่ดินทำกิน ให้เงินกู้และอำนวยความสะดวกอื่นๆ ในขณะที่ชาวพื้นเมืองดั้งเดิมของท้องถิ่นนั้นเกิดความรู้สึกว่าพวกเขาถูกผู้มาใหม่แย่งที่ดินทำกิน แย่งโอกาสในการทำงานและถูกทอดทิ้งจากรัฐบาล ความไม่พอใจต่อผู้อพยพและรัฐบาลจึงสะสมเพิ่มพูนขึ้นเรื่อยๆ การกระทบกระทั่งระหว่างคนสองกลุ่มนี้จึงเกิดขึ้นตลอดทั้งที่สุมาตรา สุลาเวสีและเกาะอื่นๆ

ส่วนกรณีร้ายแรงที่สุดเกิดที่กะลิมันตันในปี 1999-2001 ซึ่งเกิดจากชาวดายัคที่เป็นชนเผ่าดั้งเดิมของกะลิมันตันก่อจลาจลสังหารชาวมาดูราที่เป็นผู้อพยพ ในระยะนั้นมีชาวมาดูราถูกฆ่าตัดศีรษะจำนวนมาก นับเป็นเหตุการณ์สยองขวัญที่สะเทือนใจผู้อพยพอย่างมาก จนทำให้ไม่มีคนยอมอพยพไปที่เกาะนี้อีก

ชนกลุ่มน้อยที่ทำการเคลื่อนไหวแบ่งแยกดินแดนในอินโดนีเซียกลุ่มแรกคือชาวแอมบอนหรือโมลุกกะใต้ มูลเหตุการแบ่งแยกดินแดนมาจากเรื่องศาสนาดังที่กล่าวมาแล้ว ชาวแอมบอนเคยเคลื่อนไหวหนักในสมัยประธานาธิบดีซูฮาร์โต และมีการจัดตั้งรัฐบาลพลัดถิ่นประเทศโมลุกกะใต้ที่เนเธอร์แลนด์ แต่ตอนหลังเงียบไป เมื่อความขัดแย้งทางศาสนารุนแรงขึ้น การเคลื่อนไหวแบ่งแยกดินแดนของชาวแอมบอนมีทีท่าว่าจะฟื้นขึ้นมาใหม่ ซึ่งอาจเป็นปัญหาหนักอกของรัฐบาลอินโดนีเซียในอนาคตก็เป็นได้

ชาวอินโดนีเซียอีกกลุ่มหนึ่งที่เคลื่อนไหวแบ่งแยกดินแดนคือชาวอิเรียนจายาหรือชาวนิวกีนี นิวกีนีเป็นเกาะใหญ่อันดับสองของโลก ในสมัยล่าอาณานิคม นิวกีนีถูกแบ่งเป็นสามส่วน ภาคตะวันออกเฉียงเหนือเป็นของเยอรมนีเรียกว่าปาปัว ภาคตะวันออกเฉียงใต้เป็นของอังกฤษเรียกว่านิวกีนี ส่วนภาคตะวันตกเป็นของเนเธอร์แลนด์เรียนว่าอิเรียนตะวันตกหรืออิเรียนจายา อิเรียนจายาไม่เคยมีส่วนร่วมในประวัติศาสตร์ของอินโดนีเซีย เพียงแต่อยู่ใต้การปกครองของเนเธอร์แลนด์ร่วมกันเท่านั้น

เมื่อเนเธอร์แลนด์ให้เอกราชแก่อินโดนีเซีย เนเธอร์แลนด์ไม่ได้มอบอิเรียนจายาให้ไปด้วย อินโดนีเซียได้เรียกร้องรวมอิเรียนจายา และได้ส่งกองกำลังเข้าไปก่อกวนในอิเรียนจายา จนในที่สุดเนเธอร์แลนด์ก็ยอมมอบอิเรียนจายาให้อินโดนีเซียเมื่อปี 1963

ชาวอิเรียนจายาเริ่มไม่พอใจรัฐบาลกลางเมื่อทางการอินโดนีเซียให้บริษัทต่างชาติเข้าไปสร้างเหมืองทองแดงใหญ่ที่สุดในโลกขึ้นที่เกาะนั้น และยังมีเหมืองถ่านหิน เหมืองทองคำและกิจการขุดเจาะน้ำมันขนาดใหญ่เกิดขึ้นที่นั่น รายได้จากกิจการเหล่านี้ถูกส่งเข้ารัฐบาลกลางหมด ชาวอิเรียนจายาไม่ได้ทั้งค่าสัมปทาน เงินภาษีอากรและตำแหน่งการงาน สิ่งที่เหลือไว้ให้ชาวพื้นเมืองมีเพียงสภาพแวดล้อมที่ถูกทำลายและมลภาวะต่างๆ เท่านั้น

 

ชาวอิเรียนจายาได้เคลื่อนไหวแยกตัวออกจากอินโดนีเซียเมื่อทศวรรษ 1990 จนถึงขณะนี้มีความคืบหน้าน้อยมาก เนื่องจากชาวพื้นเมืองอิเรียนจายามีวัฒนธรรมต่ำมาก ตอนที่เนเธอร์แลนด์เข้ามายึดครอง ชาวพื้นเมืองเหล่านี้ยังอยู่ในยุคหิน นอกจากนี้ ยังแบ่งเป็นชนเผ่าที่มีความแตกต่างทางภาษาและวัฒนธรรมนับร้อยเผ่า จึงไม่มีจุดร่วมทางประวัติศาสตร์หรือวัฒนธรรมที่สามารถร้อยชนเผ่าต่างๆ ให้รวมกันต่อสู้เพื่อเอกราช พลังที่แสดงออกมาจึงอ่อนมาก

การต่อสู้แบ่งแยกดินแดนของชาวอาเจะห์มีมานานแล้ว สาเหตุของการแบ่งแยกดินแดนมาจากความภูมิใจในประวัติศาสตร์และความไม่พอใจต่อการจัดสรรรายได้จากทรัพยากรของอาเจะห์ อาเจะห์เคยเป็นรัฐสุลต่านที่รุ่งเรือง และเป็นรัฐที่ต่อสู้กับนักล่าอาณานิคมตะวันตกอย่างแข็งขัน อาเจะห์ได้สู้รบกับโปรตุเกสเกือบตลอดเวลาตั้งแต่โปรตุเกสเข้ายึดมะละกาจนกระทั่งถูกเนเธอร์แลนด์ขับออกไป หลังจากนั้นอาเจะห์ได้ต่อสู้กับเนเธอร์แลนด์ยืดเยื้อยาวนาน จนถึงปี 1912 ถึงได้ยุติการสู้รบ และถูกรวมเข้ากับอาณานิคมของเนเธอร์แลนด์โดยเด็ดขาด

อาเจะห์มีทรัพยากรสำคัญคือก๊าซธรรมชาติ แต่รายได้จากก๊าซธรรมชาติถูกรัฐบาลกลางเอาไปหมด รัฐบาลกลางจัดสรรงบประมาณให้อาเจะห์เพียงน้อยนิด จึงสร้างความไม่พอใจแก่ชาวอาเจะห์ ชาวอาเจะห์ได้เรียกร้องให้แบ่งผลประโยชน์อย่างยุติธรรม แต่ก็ไม่ได้รับการตอบสนองจากรัฐบาล ชาวอาเจะห์บางกลุ่มจึงได้จับอาวุธขึ้นมาสู้รบกับรัฐบาล จนกลายเป็นสงครามยืดเยื้อที่ทำให้มีผู้เสียชีวิตจำนวนมาก

รัฐบาลอินโดนีเซียหลังซูฮาร์โตพยายามแก้ปัญหาชนกลุ่มน้อยต่างๆ รัฐบาลได้กระจายอำนาจแก่ท้องถิ่นตั้งแต่ปี 2001 รัฐบาลท้องถิ่นนอกจากมีอำนาจในการจัดการกิจการของตนมากขึ้นแล้ว ยังได้รับส่วนแบ่งรายได้จากกิจการปิโตรเลียม 15% ก๊าซธรรมชาติ 30% และรายได้จากภาษีท้องถิ่นต่างๆ ประมาณ 80% ซึ่งสร้างความพอใจระดับหนึ่งแก่ชาวอาเจะห์

ต่อมาเมื่อวันที่ 26 ธันวาคม 2004 ได้เกิดภัยธรรมชาติสึนามิ อาเจะห์ถูกทำลายย่อยยับ รัฐบาลกลางได้ทุ่มเทให้ความช่วยเหลืออาเจะห์อย่างเต็มที่ ทำให้ทัศนคติของชาวอาเจะห์ที่มองรัฐบาลกลางดีขึ้นมาก จึงเกิดบรรยากาศที่เอื้อต่อการสมานฉันท์ รัฐบาลได้ฉวยโอกาสนี้เจรจากับผู้นำอาเจะห์ ต่อมาก็ได้บรรลุข้อตกลงที่ให้อาเจะห์มีอำนาจปกครองตนเองมากขึ้น แต่ยังรวมอยู่กับอินโดนีเซีย ทั้งสองฝ่ายได้ลงนามข้อตกลงนี้เมื่อวันที่ 15 สิงหาคม 2005 สันติภาพจึงกลับคืนมาสู่อาเจะห์อีกครั้งหนึ่ง

ยังมีดินแดนอีกแห่งที่เคยอยู่ใต้การปกครองของอินโดนีเซีย แต่สามารถแยกตัวไปตั้งเป็นประเทศอิสระ นั่นคือติมอร์ตะวันออกหรือติมอร์เลสเต ดินแดนนี้เป็นอาณานิคมของโปรตุเกสนานถึง 450 ปี จนได้รับเอกราชเมื่อเมื่อเดือนสิงหาคม 1975 แต่ผ่านไปไม่กี่เดือนก็ถูกอินโดนีเซียส่งทหารเข้ายึดครอง แล้วผนวกเข้าเป็นจังหวัดหนึ่งของตน

ชาวติมอร์ตะวันออกได้ทำการต่อสู้ทุกรูปแบบทั้งการต่อสู้ด้วยกำลังอาวุธ การชุมนุมประท้วงในเมืองและการเรียกร้องความเห็นใจจากนานาชาติ เพื่อทวงเอกราชคืนจากอินโดนีเซีย ในที่สุดความพยายามของพวกเขาก็ประสบความสำเร็จ รัฐบาลฮาบีบีของอินโดนีเซียที่สืบต่อจากซูฮาร์โต ได้ประกาศให้เอกราชแก่ติมอร์ตะวันออก หากพวกเขาแสดงเจตนาชัดเจนว่าไม่ต้องการอยู่กับอินโดนีเซีย

ต่อมาสหประชาชาติได้ส่งกองกำลังรักษาสันติภาพเข้าไปติมอร์ตะวันออก และจัดให้ให้มีการลงประชามติเมื่อวันที่ 30 สิงหาคม 1999 ผลการลงประชามติปรากฏว่า ชาวติมอร์ตะวันออกส่วนใหญ่ต้องการแยกไปเป็นประเทศเอกราช อินโดนีเซียยอมรับผลการลงประชามติ จึงมอบให้สหประชาชาติบริหารดินแดนนี้และถอนทหารออกไปหมด

ติมอร์ตะวันออกนับเป็นดินแดนแห่งแรกที่ประสบความสำเร็จในการแยกตัวออกจากอินโดนีเซีย

อินโดนีเซียเป็นประเทศใหญ่ที่มีกลุ่มชนต่างเชื้อชาติ ศาสนาและวัฒนธรรมอยู่รวมกันจำนวนมาก จึงเป็นประเทศที่มีปัญหาชนชาติและศาสนามากที่สุดประเทศหนึ่งของโลก ปัญหาชนชาติและศาสนาของอินโดนีเซียยังถูกจัดการแบบผิดๆ หรือถูกขยายในสมัยปกครองที่นานถึง 48 ปีของซูการ์โน และซูฮาร์โต ปัญหาต่างๆ จึงสะสมคั่งค้างมาก แต่ยังนับว่าโชคดีที่รัฐบาลชั่วคราวของฮาบีบี และรัฐบาลที่มาจากการเลือกตั้งทุกรัฐบาล ต่างให้ความสำคัญในการแก้ไขปัญหาชนชาติและศาสนา และใช้วิธีสมานฉันท์แทนการปราบปรามในอดีต ปัญหาต่างๆ จึงคลี่คลายลงมาก

ที่เห็นผลชัดเจนคือการยอมคืนเอกราชแก่ติมอร์ตะวันออก การยุติสงครามอาเจะห์และการผ่อนคลายข้อจำกัดต่างๆ ต่อคนจีน

ดังนั้น หากรัฐบาลใช้ความพยายามต่อไปเรื่อยๆ โอกาสที่จะเห็นความสมานฉันท์ปรองดองของคนในชาติและความสงบร่มเย็นเกิดขึ้นในอินโดนีเซียคงเป็นสิ่งที่ไม่ไกลเกินเอื้อม