ศาลภาษีอากรกลางพิจารณาแล้ววินิจฉัยว่า การที่เจ้าพนักงานของจำเลยที่ 1 ถือเอาการออกหมายเรียกนายพานทองแท้ ชินวัตร บุตรชาย และน.ส.พินทองทา ชินวัตร บุตรสาว ในฐานะตัวแทนเชิด เป็นการออกหมายเรียกโจทก์ตามมาตรา 19 แห่งประมวลรัษฎากรในฐานะตัวการ เป็นการดำเนินการที่ไม่ชอบด้วยกฎหมาย เพราะการประเมินต้องออกหมายเรียกไปยังโจทก์ ซึ่งเป็นผู้ถูกประเมินโดยตรง

แต่ปรากฏว่าเจ้าพนักงานประเมินมิได้ออกหมายเรียกตรวจสอบโจทก์ภายในกำหนดเวลาตามมาตรา 19 แห่งประมวลรัษฎากร ประกอบกับนิติกรรมที่ทำขึ้น ไม่ก่อให้เกิดการโอนกรรมสิทธ์ในหุ้นของบริษัทชินคอร์ป แต่อย่างใด โดยยังถือว่าโจทก์เป็นเจ้าของหุ้นบริษัทดังกล่าวอยู่ โจทก์จึงมิใช่ผู้มีเงินได้พึงประเมินตามมาตรา 39 และมิใช่ผู้มีเงินได้พึงประเมินตามมาตรา 40 (2) แห่งประมวลรัษฎากร มีผลทำให้การประเมินของเจ้าพนักงานประเมินและคำวินิจฉัยอุทธรณ์ของจำเลยที่ 2-4 ในฐานะคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ที่วินิจฉัยยืนตามการประเมิน ไม่ชอบด้วยกฎหมายเช่นเดียวกัน แต่เจ้าพนักงานประเมินและจำเลยที่ 2-4 กระทำไปตามอำนาจหน้าที่จึงไม่ต้องรับผิดเป็นการส่วนตัว

พิพากษาให้เพิกถอนการประเมินตามหนังสือแจ้งภาษีเงินได้บุคคลธรรมดา (ภ.ง.ด.12) และคำวินิจฉัยอุทธรณ์ของจำเลยที่ 2-4 ในฐานะคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ ค่าฤชาธรรมเนียมให้เป็นพับ คำขออื่นนอกจากนี้ให้ยก

ผู้สื่อข่าวรายงานว่า สำหรับคดีนี้ยังอยู่ในระยะเวลาการยื่นอุทธรณ์คำพิพากษา ขณะนี้ยัวไม่ปรากฎว่ามีคู่ความยื่นอุทธรณ์

สำหรับคดีนี้ เป็นคดีหลังจากที่ศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง พิพากษาคดีที่อัยการสูงสุด ยื่นฟ้องนายทักษิณ คดีร่ำรวยผิดปกติ ขอให้ริบทรัพย์สิน 76,000,000,000 บาท พร้อมดอกผลที่ได้มาจากการขายหุ้น บมจ.ชินคอร์ปอเรชั่น ตกเป็นของแผ่นดิน

องค์คณะฯ พิจารณาแล้วพิพากษาว่า นายทักษิณ ใช้อำนาจขณะดำรงตำแหน่งนายกฯ ออกนโยบายเอื้อประโยชน์ บมจ.ชินคอร์ปฯ ที่ครอบครัวถือหุ้นทำให้มีทรัพย์สินร่ำรวยผิดปกติ จึงให้ยึดทรัพย์สินในชื่อ นายทักษิณและครอบครัว ที่ได้จากการขายหุ้น บมจ.ชินคอร์ปฯ จำนวน 46,000,000,000 บาทเศษ พร้อมดอกผล ตกเป็นของแผ่นดิน

ต่อมาช่วงปี 2549 – 2552 กรมสรรพากรประเมินภาษีโอนหุ้นชินคอร์ป กับนายพานทองแท้ และเอม พินทองทา ทำนองว่าเป็นตัวแทนของนายทักษิณ จึงต้องเก็บภาษีจากคนทั้งสอง นำมาสู่การฟ้องร้องคดีนี้