วันที่ 18 มกราคม 2564 จากประเด็นแอปพลิเคชั่น หมอชนะ ที่ ศบค.รณรงค์ให้ประชาชนไปโหลดมาใช้ เพื่อเป็นเครื่องมือป้องกันโควิด-19 ว่าทีมพัฒนาแอปซึ่งเป็นจิตอาสาได้ถอนตัวจากการดูแลแอป โดยยกให้รัฐบาลดูแลทั้งหมด ทำให้เกิดเสียงวิจารณ์ในโซเชียลว่าอาจถูกคนในรัฐบาลล้วงลูก ต่อมา นายพุทธิพงษ์ ปุณณกันต์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงดีอีเอส ชี้แจงว่า ปัจจุบันกลุ่มผู้พัฒนาแอปหมอชนะได้แก่ กลุ่ม Code For Public และกลุ่มทีมงานอาสาหมอชนะ Mor Chana Volunteer Team ได้มีการส่งต่อหมอชนะมาให้รัฐดูแลอย่างเต็มตัวแล้ว โดยไม่ได้มีปัญหาใดๆ และยืนยันไม่มีข้อมูลส่วนตัวของผู้ใช้รั่วไหล

ด้านเพจดังอย่าง หมอแล็บแพนด้า ได้โพสต์ข้อความเล่าเรื่องเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น ระบุว่า คนจากภาครัฐเข้ามาแก้ไขให้ทุกคนเป็นสีเขียน เดี๋ยวหน่วยงานรัฐจะสืบเองว่าใครมีความเสี่ยง ทางทีมมองว่า ประโยชน์ที่เกิดขึ้นจากแอพพ์นี้หากรัฐเข้ามาควบคุม จะเป็นของหน่วยงานรัฐฝ่ายเดียว ผิดกับครั้งแรกที่แอพพ์ต้องการให้ประชาชนได้ประโยชน์

นายไกลก้อง ไวทยการ อดีต ส.ส.บัญชีรายชื่อ พรรคอนาคตใหม่ โพสต์ข้อความแสดงความเห็นกรณีดังกล่าว ระบุว่า

“หมอชนะ พัฒนาขึ้นจากแนวคิดแบบ open source คือเปิดเผยโค้ดการพัฒนาแอพ เพื่อให้สามารถนำไปพัฒนาต่อยอดได้ มีส่วนร่วม มีความโปร่งใส พอมาทำงานกับรัฐ ราชการ ที่มีวัฒนธรรมแบบปิด สั่งการจากบนลงล่าง มองคนอาสาเป็นลูกน้อง ผลก็ออกมาแบบรัฐยึดไปทำ รวมศูนย์อำนาจจัดการข้อมูลจากมือถือประชาชน”

นายลอย ชุนพงษ์ทอง นักวิชาการอิสระที่ใกล้ชิดทีมพัฒนาแอป ให้สัมภาษณ์กับช่อง 3 ว่า สาเหตุที่ทีมต้องถอนตัว เพราะกรมควบคุมโรคไม่ยอมกำหนดให้คนติดเชื้อโควิดเป็นสีแดง ซึ่งผิดหลักการของแอปนี้ ถ้าให้เป็นสีเขียวกันทั้งแผ่นดิน แล้วแอปหมอชนะจะมีประโยชน์อะไร ไม่ต่างจากแอปขยะ ดังนั้นจึงขอถอนตัวดีกว่า พร้อมเรียกร้องให้อธิบดีกรมควบคุมโรคออกมาชี้แจง

“สิ่งที่เป็นปัญหาคือคนติดเชื้อ ไม่ใช่พื้นที่ติดเชื้อ คนที่ติดเชื้อ 14 วันที่แล้วจากพื้นที่นี้ เขาไปไหนแล้วก็ไม่รู้ ถ้ากรมควบคุมโรคไม่สามารถ หรือไม่ต้องการยิงให้ใครเป็นตัวแดง แอปหมอชนะจะกลายเป็นขยะ ในเมื่อมันไม่มีตัวแดงตัวส้มมันก็ไม่เกิด ตัวเหลืองมันก็ไม่เกิด เพราะฉะนั้นจะเป็นตัวเขียวทั้งแผ่นดิน  เขาโหลดแอปนี้ เขาก็อยากจะเห็นว่า เขาเป็นตัวเหลืองเมื่อไหร่ เขาจะเป็นตัวส้มเมื่อไหร่ เขาไปใกล้ชิดกลุ่มเสี่ยงแค่ไหน คนที่เขาโหลดเขาคิดอย่างนี้ เปิดมาทีไร ก็เขียวตลอดผมไม่รู้เหตุผลครับ ผมอยากให้อธิบดีกรมควบคุมโรคออกมาชี้แจง

ต่อมา นายแพทย์โอภาส การย์กวินพงศ์ อธิบดีกรมควบคุมโรค ชี้แจงว่า ยอมรับว่าอาจมีบางประเด็นที่เข้าใจคลาดเคลื่อน ซึ่งจะมีการหารือและทำความเข้าใจเพิ่มเติมต่อไป โดยเฉพาะประเด็นที่ผู้พัฒนาแอปกังวลสถานะของผู้ติดเชื้อ จะได้นำไปทำความเข้าใจกับทุกส่วนที่เกี่ยวข้อง