เมื่อวันที่ 19 กันยายน ที่ท่าอากาศยานทหาร 2 กองบิน 6 พล.อ.อนุพงษ์ เผ่าจินดา รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย เปิดเผยว่า พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม ได้สั่งการให้ยกระดับการป้องกันและบรรเเทาสาธารณภัยเป็นระดับ 3 ในพื้นที่ 4 จังหวัดได้แก่ ร้อยเอ็ด ยโสธร อุบลราชธานี ศรีษะเกษ เนื่องจากสถานการณ์อุทกภัยยังรุนแรงกว่าในพื้นที่ 28 จังหวัดที่อยู่ประกาศอยู่ในระดับ 2 เนื่องจากอยู่ในระยะฟื้นฟูแล้ว ซึ่งการยกระดับเป็นระดับ 3 นั้น จะสามารถบูรณาการทุกหน่วยงาน เน้นให้เกิดความรวดเร็ว โดยเฉพาะในเรื่องของงบประมาณ หากมีเรื่องใดจำเป็นต้องขอยกเว้นขั้นตอน ก็ต้องดำเนินการ ซึ่งทั้งหมดยังคงอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของศูนย์ป้องกันและบรรเทาสาธารณภัยแห่งชาติ ที่มีนายกรัฐมนตรีเป็นประธาน