ในบทว่าด้วยนิกายในมหายาน เสถียร โพธินันทะ ระบุว่าในอินเดียมหายานมีปรัชญาแยกออกเป็นศูนยวาทิน สายอัสติวาทิน สายภูตตถตาวาทิน

ส่วนลัทธิสุขาวดีและพิธีโยคกรรมธารณีของลัทธิพุทธตันตระ (ยกเว้นปรัชญา) เข้ากันได้กับทุกสาย ทั้งนี้ สุดแล้วแต่ผู้นับถือจะเป็นฝักฝ่ายในปรัชญาฝ่ายใดก็อธิบายเรื่องสุขาวดีหรือเรื่องเวทมนตร์อาคมไปตามทัศนะของตนได้

เหตุที่เป็นดังนั้นก็เนื่องด้วยลัทธิสุขาวดีหาได้ตั้งกฎเกณฑ์ทางปรัชญาไว้ไม่

นักปราชญ์บางคนจัดนิกายสุขาวดีไว้ในฝ่ายอัสติวาทิน ส่วนพิธีโยคกรรมและธารณีมนต์เล่าก็เป็นเพียงการท่องบ่นและจัดลักษณะรูปพิธีต่างๆ เท่านั้นจึงเข้ากันได้กับทุกสาย

คณาจารย์ในปรัชญายุคหลังส่วนใหญ่บำเพ็ญโยคกรรมตามลัทธิพุทธตันตระกันมาก

ครั้นเมื่อมหายานแพร่เข้าสู่จีน ญี่ปุ่น พวกคณาจารย์จีนและญี่ปุ่นได้ตั้งนิกายและสร้างทฤษฎีอธิบายพระพุทธมติกันมาก แต่ก็คงหนีไม่พ้นวงกรอบแห่งปรัชญาฝ่ายศูนยตวาทินและอัสติวาทิน

ปรากฏว่า นิกายที่คณาจารย์จีนและญี่ปุ่นคิดตั้งขึ้นใหม่นั้นล้วนเป็นฝักฝ่ายภูตตถตาวาทินทั้งนั้น พิเคราะห์ดูเห็นจะเป็นด้วยในจีนก่อนหน้าที่พระพุทธศาสนาจะแผ่เข้าไปจีนได้มีปรัชญาที่ลึกซึ้งของตนอยู่แล้ว

เช่น ปรัชญาของขงจื้อ เล่าจื้อ และจังจื้อ เป็นอาทิ

ปรัชญาของเล่าจื้อกับจังจื้อไม่มีอะไรผิดแผกแตกต่างจากปรัชญาฮินดูในคัมภีร์อุปนิษัทอันว่าด้วยปรมาตมันเลย เล่าจื้อ จังจื้อ แลนักปรัชญาอื่นๆ มักสอนมุ่งในมูลการณะของสรรพสิ่งว่าเป็นอมตภาวะ มีธรรมชาติร่วมกับสรรพสิ่ง

ฉะนั้น ความคิดของประชาชนจึงชินต่อเรื่องธรรมชาติเอกีภาวะนี้

ส่วนญี่ปุ่นที่ได้รับอารยธรรมจากจีนจึงไม่มีข้อกังขาอันใดเลยว่า เหตุไฉนปรัชญาฝ่ายภูตตถตาวาทินจึงเฟื่องฟูมากกว่าปรัชญาสายอื่นทั้งในเมืองจีนและญี่ปุ่น

ตรงกันข้ามกับทิเบตซึ่งแม้รับลัทธิพุทธตันตระมนตรญาณไปนับถือก็จริง แต่ทางความคิดด้านปรัชญาแล้วชาวทิเบตกลับนิยมปรัชญาฝ่ายศูนยตวาทินแลโยคาจารมาก มีคณาจารย์ทิเบตแต่งอรรกถาและปกรณ์วิเศษประกาศมติของปรัชญาทั้ง 2 สายนี้มากฉันใด

คณาจารย์จีน ญี่ปุ่น ก็เขียนอรรถกถาขายเรื่องเอกีภาวะของสรรพสิ่งอันเป็นมติของปรัชญาภูตตถตวาทินมากฉันนั้น

นิกายมหายานจึงยกนิกายศูนยตาวาทินและโยคาจารแล้ว นิกายอื่นๆ ก็เป็นฝ่ายภูตตถตาวาทินสิ้น แม้นิกายสุขาวดีในจีนกับญี่ปุ่นก็ถูกอธิบายแพร่หลายโดยคณาจารย์ฝ่ายภูตตถตาวาทินส่วนมาก อนึ่ง นิกายที่เสกสรรค์ขึ้นโดยชาวญี่ปุ่นก็หนีไม่พ้นจากนิกายที่ตั้งขึhนโดยคณาจารย์จีน

จากนั้น เสถียร โพธินันทะ ก็ประมวลและจัดระบบนิกายมหายานโดยยึดถือเท่าที่ปรากฏในประวัติศาสตร์พระพุทธศาสนาของจีน

นิกายที่สำคัญประกอบด้วย

นิกาย 1 นิกายตรีศาสตร์ (ซาหลุงจง) เรียกในภาษาญี่ปุ่นว่า “ซานรอนซยู” จัดเป็นฝ่ายศูนยตวาทิน

นิกาย 2 นิกายธรรมลักษณะ (ฮวบเซียงจง) เรียกในภาษาญี่ปุ่นว่า “ฮอสโสซยู” จัดเป็นฝ่ายโยคาจาร

นิกาย 3 นิกายสัทธรรมปุณฑริก (ฮวบฮั่วจง หรือเทียนไท้จง) ญี่ปุ่นเรียก “เทนไดซยู”

นิกาย 4 นิกายอวตังสกะ (ฮั่วเงียบจง) ญี่ปุ่นเรียกว่า “เคกอนซยู” นิกาย 5 นิกายธยาน (เซี้ยงจง) ญี่ปุ่นเรียกว่า “เซ็นซยู”

นิกาย 6 นิกายวินัย (ลุกจง) ญี่ปุ่นเรียกว่า “ริตูซยู”

นิกาย 7 นิกายสุขาวดี (แจ้งโท้วจง) ญี่ปุ่นเรียกว่า “จโยโดซยู” นิกาย 8 นิกายมนตรยาน (จิ้งงั้งจง) ญี่ปุ่นเรียกว่า “ซินกงอนซยู”

ทั้ง 8 นิกายนี้ถือเป็นนิกายใหญ่

ส่วนนิกายปลีกย่อย เช่น นิกายนิวารณะ (เนียบพวกจง) ก็สงเคราะห์เข้าในนิกายเทียนไท้ หรือนิกายสัทธรรมปุณฑริก

นิกายอภิธรรมสัมปริครหศาสตร์ (เนียบหลุงจง) ก็สงเคราะห์เข้าในนิกายธรรมลักษณะ

นิกายภูมิศาสตร์ (ตี้หลุงจง) ก็สงเคราะห์เข้าในนิกายอวตังสกะ (ฮั่วเงียบจง) นิกายนิชิเร็น ก็สงเคราะห์เข้าในนิกายเทียนไท้ หรือสัทธรรมปุณฑริก

นิกายชินก็สงเคราะห์เข้าในนิกายสุขาวดี (เจ้งโท้วจง)